Program Pascasarjana Universitas Syiah Kuala, terlebih dahulu diawali dengan lahirnya beberapa program studi magister. Program Pascasarjana Universitas Syiah Kuaka (PPs-Unsyiah) didirikan pada tahun2002 berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Syiah Kuala Nomor 256 tahun 2002, tanggal 2 Desember 2002. Sekarang ini PPs-Unsyiah telah memiliki 12 program studi, yang terdiri dari 11 program studi magister (S2) dan 1 program studi doktor (S3). Secara berurutan sesuai dengan tahun berdirinya, program studi-program studi tersebut adalah:

1. Program Studi Magister (S2) Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan (IESP) pada tahun 1992, sekarang diganti nama menjadi Magister Ilmu Ekonomi (MIE);
2. Program Studi Magister (S2) Manajemen (MM) pada tahun 1995;
3. Program Studi Doktor (S3) Ilmu Ekonomi pada tahun 1998;
4. Program Studi Magister (S2) Konservasi Sumber Daya Lahan (KSDL) pada tahun 1999;
5. Program Studi Magister (S2) Ilmu Hukum pada tahun 1999;
6. Program Studi Magister (S2) Manajemen Pendidikan (MPD) pada tahun 2001, sekarang diganti menjadi Magister Administrasi Pendidikan (MAP) ;
7. Program Studi Magister (S2) Teknik Sipil (MTS) pada tahun 2001;
8. Program Studi Magister (S2) Sains Akuntansi pada tahun 2002;
9. Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Inggris pada tahun 2003;
10. Program Studi Magister Teknik Kimia pada tahun 2005;
11. Program Studi Magister Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia pada tahun 2008;
12. Program Studi Magister Pendidikan Olahraga pada tahun 2009.